燃烧后的粉煤灰大量堆积在发电厂周围，会形成隐患。其中，有害物质随雨水渗漏污染河流、粉煤灰一遇扬风便向周围扩散等问题正在影响环境。
煤灰的20％是很容易吹到空中的空心微珠，富含重金属，只要风力达到四级，粉煤灰就会扬起，沉降范围可达10万～15万平方公里，从而污染周围的土地。经过风化及大气降水的淋溶作用，长期堆放的粉煤灰中的微量有毒重金属元素（如铅、镉、汞、砷、铬等）会渗入地下，导致土壤、地表水体及浅层地下水的污染，影响土壤环境和水环境。粉煤灰中的放射性物质起源于原煤，其放射性核素含量因原煤产地、品种不同而存在差异。由于某些煤层中（特别是劣质煤）226镭、232钍、40钾等放射性核素含量较高，燃烧后粉煤灰中的放射性元素也相对富集。
治理粉煤灰的重要途径是资源化。目前粉煤灰可以用于建筑工程、道路工程、回填、农业应用、资源回收等，其中前3项用量占总用量的90%以上。建筑材料行业用量较多，占总用量的45%左右，如粉煤灰混凝土、灌浆材料、粉煤灰水泥、粉煤灰陶粒等；道路工程方面用灰量约占20%，主要有稳定路面基层、护坡、护堤工程等；填筑材料方面用灰量约15%，主要有综合回填、矿井回填、小坝码头填筑等；农业应用方面用灰量占15%左右，主要有改良土壤、制作磁化肥、农药等；提取矿物和高值利用方面用灰量约占5%。经过分选的空心玻璃微珠流动性极佳、耐火性极好，是优质化工填料，可用于制备耐火涂料、人造防火材料等。
近年来，粉煤灰已在混凝土及砂浆筑路及工程填筑、农用及精细工业等领域得到了广泛利用，在上海、南京、南通、南昌等城市连续几年利用率实现100%。由于一部分粉煤灰中微量有毒重金属及放射性元素含量偏高，其资源化过程中隐藏着一定程度的二次污染。粉煤灰资源化技术的广泛应用，粉煤灰资源化利用可能带来的二次污染不应被忽视。其中尤其应该引起重视的是粉煤灰在民用建筑领域可能产生的放射性污染扩散。
目前市场上采用粉煤灰作为添加料的建材，一般是将添加料控制在不超出国家放射性标准的临界状态。由于部分生产厂家唯利是图以及缺乏有效的技术监控及市场管理手段等，相当数量的粉煤灰建材制品实际上超出国家放射性标准。而目前这种建材制品大量进入民用建筑市场。
粉煤灰污染源转移具有不可逆性。粉煤灰民用建筑制品放射性超标，会对人体健康造成严重危害。由于放射性物质的半衰期都比较长（较短的226镭也有1620年），在衰变过程中释放出α、β、γ射线，辐射可影响几代甚至十几代人，可能引起人体的远期效应，包括躯体效应和遗传效应。因此，应采取有效措施防止粉煤灰建筑材料放射性超标。从源头上治理，把好火力发电厂煤源的放射关。受当前科技水平的限制，应选择开采有害物质放射性较低的燃煤。制定相关政策和法规，对拟开采煤炭资源进行有害重金属以及放射性物质分析评价，根据分析评价结果有计划、有目的地开采利用。
加强粉煤灰建材制品的技术监测和市场监管，严格禁止放射性超标粉煤灰制品进入市场。规范建材制品的检测仪器和测量方法，提高检测水平。对测量中的具体问题制定标准方法，提出统一可行的方法。积极采用新技术，提高资源化水平。由于粉煤灰掺量超过最高用量限定百分比而引起制品放射性超标时，可添加具有较强吸收能力和防辐射作用的防护剂。而采用的防护剂属工业废弃物，原料来源广泛，是以废治废的好方法。国家应支持建立和完善粉煤灰的环境影响与公众健康危害评价方法，并建立标准的计算机程序、相应的信息系统和数据库。在对房地产项目的管理中，目前房产证上仅体现结构类型、建筑面积、户型、地段等，建议立法，要求房地产开发商在市民购买房屋时提供包括放射性指标在内的环保报告，让产权人对住宅的环保性具有知晓权。加强放射性知识的科普宣传，形成和完善粉煤灰资源化的科学管理体系，为粉煤灰的深度开发利用与污染综合防治提供管理支撑，做到有序利用和科学利用粉煤灰，这是实现可持续发展战略和保障公民良好环境权的关键。
